10 Bioinformatics Jobs

Develop and implement methods for analysing genomic, proteomic and metabolomic datasets, Collaborate with other researchers and industry partners to manage and interpret big data, Write research papers based on bioinformatics analyses and present results at conferences, Apply for external funding to support ongoing research

Collaboration in multidisciplinary project teams with academic and industrial partners to identify novel biomarkers and therapeutic targets, guide biomarker discovery and develop experimental strategies, Development and application of reproducible bioinformatics pipelines to analyze complex biological data from different platforms (e.g. NGS-assisted phage display and Luminex multiplex assays), Development and application of bioinformatics algorithms for the prediction, validation and stratification of biomarkers and testing their performance, Application of advanced statistical and machine learning methods for the identification and validation of biomarker candidates, Interpretation, communication and discussion of results in the form of detailed reports, presentations and scientific publications to ensure results are accessible to both technical and non-technical team members and collaborators

Leading and developing a multidisciplinary team of bioinformaticians and statisticians. Developing and implementing the facility’s strategic vision in alignment with the research goals of Helmholtz Munich., Developing and maintaining computational pipelines for genomics, proteomics, metabolomics, spatialomics and other -omics data. Ensuring best practices in data processing, integration and visualization. Evaluating and implementating AI-based tools for bioinformatics analysis., Advising researchers on experimental design and data analysis. Working closely with internal and external scientists to support projects, including multi-OMICS approaches., Implementing and conducting workshops and training sessions for researchers and students in bioinformatics and statistics. Ensuring the delivery of mandatory courses. Developing and maintaining documentation and guidelines for bioinformatics and statistical methods. Support grant and publication writing., Building strong collaborative networks with other core facilities, external partners and other Helmholtz institutions in the field of data analysis. Presenting the core facility at conferences and workshops., Managing computational resources, software infrastructure and high-performance computing clusters (HPC). Ensuring data protection, FAIR data principles and regulatory compliance. Efficient budget and resource management including regular billing of services.

Selbstständige Planung und Durchführung wissenschaftlicher Projekte im Bereich der Pflanzengenomik, Organisation, Durchführung und Auswertung von bioinformatischen Daten, Anleitung von Doktorand:innen, Bachelor-/Masterstudent:innen und technischen Hilfskräften bei der Durchführung von Experimenten sowie der Erstellung von Arbeitsberichten, Doktorarbeiten, Seminarvorträgen und Posterpräsentationen, Verfassen von Manuskripten und Anträgen auf Forschungsförderung, Statistische Analyse der komplexen pflanzengenomischen Daten, Präsentation von Projektergebnissen und Erstellung von Veröffentlichungen

Identifizierung und Bewertung von Erfindungen in Zusammenarbeit mit unseren Schnittstellen, Ausarbeitung von Patentanmeldungen und managen der weltweiten Verfolgung und Durchsetzung der Schutzrechte, Entwicklung von adäquaten Patentstrategien und Koordination externer Patentanwälte, Durchführung der patentrechtlichen Beratung bei Eigenentwicklungen, Outsourcing und Zukäufen, Recherche von Wettbewerberpatenten, Erstellung von FTO-Gutachten und Durchführung von Einspruchsverfahren gegen störende Drittschutzrechte, Aufbereitung von Patentinformation und Erstellung von „Patent Landscapes“, um unsere Entwicklungs- und Marketingabteilungen zu unterstützen unter Nutzung der modernen IT-Plattformen, Mitwirkung bei Lizenzverträgen und IP-Vereinbarungen und durchführen von Schulungen der Schnittstellen Stakeholder

Entwicklung innovativer, rechnergestützter Methoden zur Erforschung molekularer Krankheitsprozesse, Konzeption, Ausarbeitung und Implementierung von Machine Learning und Künstlicher Intelligenz in der klinischen Diagnostik und biomedizinischen Forschung, Anwendung klassischer Methoden der Statistik zur Aufbereitung und Analyse von Rohdaten verschiedenster OMICs-Felder, Entwicklung innovativer Methoden des Maschinellen Lernens und der Künstlichen Intelligenz zur Integration und zum ‚Datamining‘ grosser, multimodaler, klinischer Daten, Ausprägung und Vertiefung des wissenschaftlichen Profils auf dem Gebiet der Computer-gestützten Biomedizin, Publikation von Forschungsergebnissen in anerkannten internationalen Fachzeitschriften, Vorträge auf internationalen Konferenzen, Beteiligung an Lehrformaten, wie Vorlesungen und Seminare des Instituts für Klinische Chemie und Laboratoriumsmedizin

Integration klinischer Daten aus elektronischen Patientenakten (Zugriff auf elektronische Patientenakten, Rohdatenaufbereitung, Datenbankmanagement, Extrahierung der Daten)., Bioinformatische Analyse & Computational Modeling (Durchführen von statistischen Analysen, Entwicklung von Clustering-Modellen mithilfe von Machine Learning und KI, statistische Analysen und grafische Darstellung)., Unterstützung klinischer Studien (Datenvalidierung, Dokumentation, Erstellung von Visualisierungen)., Software- und Tool-Entwicklung (Automatisierung von Datenanalysen, Entwickeln von Skripten/Workflows, Nutzen von bestehenden Bioinformatik-Tools, Anpassen und Anwenden von Open-Source-Software., Zusammenarbeit & Kommunikation im interdisziplinären Team.

Probehandling und Biobanking (Annahme und Registrierung von Blutproben, Zentrifugation zur Trennung von Plasma/Serum, Aliquotierung und sichere Lagerung, Dokumentation in einer Datenbank/LMS, Qualitätskontrolle), OLINK (Vorbereitung der Proben, Übertragung in Datenbank, Qualitätskontrolle), Biostatistische Analyse (Aufbereitung der Messergebnisse in Datenbanken, statistische Auswertung mit Phyton und/oder R), Dokumentation und Qualitätssicherung (Pflege von Laborjournalen und digitalen Dokumentationen, Sicherstellung der Einhaltung von SOPs, Unterstützung bei der Erstellung von Berichten und Präsentationen)

Implementation, optimization and application of robust and reproducible analysis pipelines for spatial omics data, Development of novel multi-modal data integration methods for spatial multi-omics assays, Integratation of in-house generated data with publicly available spatial and single-cell atlases, Support and train scientists and PhD students in spatial omics data analysis, Collaboration in multidisciplinary project teams with academic and industrial partners to identify novel biomarkers and therapeutic targets, Reviewing literature for emerging methods, datasets, and discoveries in the field of spatial omics, Presenting and discussing in internal meetings and international conferences, write R&D reports and scientific publications

Assembly und Annotation von Phagen- und Bakteriengenomen, Analyse der genomischen Unterschiede zwischen Phagen-sensiblen und Phagen-resistenten Bakterien, Leichte Laborarbeiten nach ausführlicher Einweisung in Bezug auf Genomsequenzierungen

Beteiligung am Aufbau eines Datenintegrationszentrums mit dem Ziel der Bereitstellung standardisierter klinischen Daten für die medizinische Forschung zur Verbesserung der Behandlung und Versorgung von Patient*innen, Datenextraktion aus klinischen Primärsystemen, Entwurf, Implementierung und Überwachung von ETL-Prozessen, Integration von heterogenen Daten, Datenharmonisierung, semantische Datenannotationen, Übernahme von Standardterminologien, Aufbau einer nachhaltigen IT-Infrastruktur sowie Entwurf und Etablierung von effizienten Prozessen für das Datenmanagement

Zellbiologische, biochemische und molekularbiologische Grundlagenforschung, Entwicklung Ihrer Projekte bis zur Publikationsreife in einem zellbiologischen Top-Journal, Unterstützung von Lehrveranstaltungen, Co-Betreuung von Bachelor- & Masterarbeiten

Du arbeitest in einer interdisziplinären Arbeitsgruppe als technische*r Expert*in und Entwickler*in von Messplätzen sowie der IT-Infrastruktur für diese Messplätze., Du bist an internationalen Software-Kooperationen beteiligt., Du trägst zum effizienten Management der gesammelten Forschungsdaten bei.

Verantwortung für die optimale Diagnostik und Befunderstellung in der Hämatoonkologie, Zytogenetische und molekularzytogenetische Analyse von Patientenproben, Beurteilung von Karyogrammen sowie Metaphase- und Interphase-FISH-Analysen, Selbständige Entscheidung über die Notwendigkeit weiterer Analysen und eigenverantwortliche Befunderstellung, Perspektivische Analyse und Interpretation von WGS-Daten (Whole Genome Sequencing), Förderung der permanenten Weiterentwicklung und Optimierung der genetischen Diagnostik, Verfolgung des aktuellen Kenntnisstandes in der Diagnostik und Therapie von hämatologischen Neoplasien, Mitarbeit an Projekten zur Prozessoptimierung (z.B. Einsatzmöglichkeiten von KI) oder an wissenschaftlichen Projekten

Aufbau, Wartung und Optimierung der Data-Science-Infrastruktur, einschließlich der Integration von Open-Source- und Enterprise-Lösungen (GitLab, Docker, Kubernetes), Implementierung von CI/CD und MLOps-Prozessen, Gewährleistung der Skalierbarkeit und Leistung der Infrastruktur, einschließlich GPU-Support und Cloud-Readiness, Sicherstellung der IT-Sicherheit und Einhaltung von Datenschutzrichtlinien, Implementierung und Pflege von Single Sign-On- (SSO-) Lösungen sowie Verwaltung von Authentifizierungsmechanismen, Optimierung von Paketinstallationen und Softwarebereitstellung zur Unterstützung von Data-Science-Projekten, Bereitstellung einer zuverlässigen und innovativen Infrastruktur durch enge Zusammenarbeit mit Data Scientist:innen und Softwareentwickler:innen, Dokumentation der Systemarchitektur sowie Monitoring der IT-Umgebung, um kontinuierliche Betriebsbereitschaft zu gewährleisten, First- und Second-Level-Support für Benutzeranfragen und technische Probleme, Weiterentwicklung Ihrer technischen Fähigkeiten